"لاک پشت های نینجا" که در نیویرورک هستند ، خود را برای مقابله با دشمن سرسخت خود ،"تی سی آر آی" آمده می کنند."دکتر باکستر استاکمن" که بر روی پروژه ی طوفان اوزونی برای دشمن لاک پشت ها کار می کند ، در حال آماده سازی مقدمات حمله ای آسمانی و بزرگ به نیویورک می باشد. حال "آپریل اونیل" خبرنگار به کمک 4 لاک پشت قصد دارند مانع از وقوع این حمله ناگهانی به نیویروک شوند و …..

گروهی از دوستان با هم متحد می‌شوند تا حقیقت مرگ تراژیک یکی از دوستان مشترکشان را پنهان کنند. آن‌ها به زودی متوجه می‌شوند که یک موجود شیطانی در تعقیب آن‌هاست.